Avec l'évangélisation de l'Île à partir de 1820, les chants religieux chrétiens bouleversent le paysage musical malgache traditionnel. Les missionnaires utilisaient les dispositions musicales et le goût pour la musique des Malgaches pour attirer les fidèles. Au tout début, ils firent des concessions aux rythmes et aux mélodies populaires qui les aidaient à faire passer leur message. Les missionnaires de la London Missionary Society traduisirent rapidement de nombreux cantiques en malgache et ce premier recueil deviendra la base de la musique religieuse protestante jusqu'à nous jours. Ils adaptaient les paroles aux mélodies populaires britanniques afin de leur donner un caractère de réjouissance profane plus approprié, selon eux, à la sensibilité malgache. De leur côté, les Jésuites adoptèrent le même principe à partir de mélodies populaires françaises qu'ils enrichissaient toutefois d'instruments de musique. Cette première forme de syncrétisme va influencer la perception malgache du christinianisme et du chant religieux.

Parallèlement, les missionnaires tentent de désacraliser les lieux de culte acestraux en sécularisant les instruments de musique qui leur sont liés. C'est ainsi que le valiha, censé posséder un pouvoir surnaturel, deviendra un instrument de diverstissement aristocratique. Il accompagne les poésies profanes et devient un objet de plus en plus élaboré : orné de velours, de bois précieux incisés de motifs, notamment de l'aigle, symbole des sept castes nobles et des deux castes de la haute bourgeoisie. On en fabrique de toutes les tailles pour adultes et pour enfants et certains spécimens sont de véritables chefs-d'œuvre. On organise également des compétitions de chants et de danses qui remplacent peu à peu les rituels traditionnels et attirent une foule sensibilisée aux idées chrétiennes.

     Au milieu du XIX^ème siècle, le puritanisme anglais se fait sentir et les nouveaux missionnaires protestants, d'origine britannique, proscrivent les instruments de musique dont le pouvoir sur les sens est considéré comme diabolique, en particulier le violon aux accents langoureux. En tentant de réformer les premiers cantiques qu'ils jugent inconvenants, ils se heurent aux résistances des anciens pasteurs et de leurs ouailles. Ces conflits ne découragent pas les Malgaches qui continuent à chanter Zanahary avec autant d'enthousiasme, mais les pasteurs parviennent à la fin du siècle à bannir des temples toute trace de culture autochtone. Ils sont aidés en cela par les hautes classes de la bourgeoisie qui y voient un moyen de préserver leur domination culturelle, domination renforcée par l'introduction du système de notation des cantiques, le solfa, inaccessible aux analphabètes. Cette période amorce la division sociale du chant choral, entre le chant synchrétique de la basse ville issu du milieu rural et le chant puritain occidental pratiqué par la bourgeoisie dans les temples de la haute ville. Ce clivage est toujours d'actualité.

     Alors que la LMS a toujours prôné la rigueur en refusent tout compromis avec la culture nationale, ce qui ne l'a pourtant pas empêché d'imposer des éléments de sa propre tradition, les missionnaires catholiques français, arrivés plus tard, agissent de façon plus subtile. Les Jésuites enthousiasment les Malgaches en récupérant leurs mélodies préférées pour faire passer le message évangélique et leur permettre de se familiariser avec lui. Comme Ils le font dans d'autres domaines, ils s'emploient à former une élite qui s'initie au solfège et à la composition et dont les créations musicales inspirées par la sensibilité malgache sauront préserver l'héritage culturel traditionnel. Cette forme de syncrétisme sophistiqué donnera naissance à un genre nouveau, populaire et religieux, qui apparaît progressivement comme le compromis idéal entre la chrétienté et la tradition. Le zafindraona, (litt. métissé) tire ses paroles des textes de l'Evangile mais ses mélodies et ses rythmes du terroir malgache. C'est dans la région du Betsileo, traditionnellement contestataire, qu'il connaît sa forme la plus élaborée telle que les anthropologues l'étudient aujourd'hui. Réprimé sous la colonisation pour ses accents trop traditionnels et potentiellement nationalistes, ce n 'est qu'en 1980 qu'on assistera à un nouvel essor du zafindraona.